พันธกิจของ ศรชล.

๑. วางแผน อำนวยการ ประสานงาน สั่งการ และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานของรัฐ ที่เกี่ยวข้องในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล ในการป้องกัน ปราบปราม ระงับ ยับยั้ง จัดการ แก้ไขหรือบรรเทาปัญหา เหตุการณ์ สาธารณภัย หรือการกระทำผิดกฎหมายที่ส่งผลประทบหรืออาจส่งผลกระทบต่อผลประโยชน์ของชาติทางทะเล

๒. พัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน สิ่งอำนวยความสะดวก เครื่องมือ ความพร้อมด้านองค์วัตถุ และขีดความสามารถ ในการบูรณาการการทำงานที่เกี่ยวข้องในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล ในพื้นที่ส่วนกลางและในส่วนภูมิภาค รวมทั้งพัฒนาขีดความสามารถของบุคลากร และสร้างมาตรฐานในการจัดการปัญหา โดยการฝึกอบรม การจัดให้มีการฝึก และพัฒนาระบบการฝึก พร้อมทั้งจัดทำแผนปฏิบัติการที่เกี่ยวข้องกับการจัดการปัญหาและภัยคุกคาม เพื่อให้ความพร้อมต่อสถานการณ์ในรูปแบบต่าง ๆ

๓. เสริมสร้างความร่วมมือทั้งภายในประเทศและระหว่างประเทศ รวมทั้งส่งเสริมหรือสนับสนุนให้มีการพัฒนาขีดความสามารถในการปฏิบัติงานที่เป็นรูปธรรมในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล ทั้งในรูปแบบองค์กรภาครัฐและที่มิใช่ภาครัฐทั้งในประเทศและต่างประเทศ

๔. พัฒนากลไกการสร้างความตระหนักรู้ และการมีส่วนร่วมของภาคประชาชน เกี่ยวกับการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล และหน้าที่ที่ต้องพิทักษ์รักษาไว้ซึ่งผลประโยชน์ของชาติทางทะเล รวมทั้งส่งเสริมให้ประชาชนเข้ามามีส่วนร่วมในการป้องกันและแก้ไขปัญหาต่าง ๆ ที่กระทบต่อผลประโยชน์ของชาติทางทะเล