“ศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล” หรือ “ศรชล.” ดูแลแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล ทั้งภายในและภายนอกราชอาณาจักร ซึ่งมีความสัมพันธ์เกี่ยวข้องกับเขตทางทะเลอันมีลักษณะที่หลากหลาย โดยแต่ละประเทศมีอำนาจอธิปไตย หรือสิทธิอธิปไตยที่จะต้องรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลไว้ รวมทั้ง มีสิทธิหน้าที่อื่นตามหลักกฎหมายระหว่างประเทศซึ่งต้องปฏิบัติระหว่างกัน ประเทศไทยมีพันธกรณีจะต้องปฏิบัติตามกฎหมายระหว่างประเทศ และการป้องกันสิทธิอธิปไตยที่จะต้องรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลไว้อีกด้วย กฎหมายที่มีอยู่ในปัจจุบันยังไม่สอดคล้องกับสถาณการณ์ การใช้บังคับในเขตทางทะเลที่มีอยู่ภายในราชอาณาจักร หรืออาจไม่ครอบคลุมถึงการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลที่มีอยู่อย่างมากมายในทุกๆ ด้าน เช่น ด้านควาสมั่นคง ด้านเศรษฐกิจ ด้านสังคม ด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ด้านทรัพยากร หรือด้านสิ่งแวดล้อม จึงมีความจำเป็นที่จะต้องมีหน่วยปฏิบัติงานหลักเพื่อรับผิดชอบดำเนินการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลได้อย่างมีเอกภาพ บูรณาการ และประสานการปฏิบัติงานในเขตทางทะเลได้อย่างมีประสิทธิภาพ

ศรชล. เป็นส่วนราชการที่มีรูปแบบเฉพาะ มีหน้าที่และอำนาจและรับผิดชอบเกี่ยวกับการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล (“ผลประโยชน์ของชาติทางทะเล” หมายความว่า ผลประโยชน์ของประเทศไทยอันพึงได้รับจากกิจกรรมทางทะเล (“กิจกรรมทางทะเล”หมายความว่า การดำเนินการเพื่อใช้ประโยชน์ในเขตทางทะเลใน รูปแบบต่าง ๆ เช่น การพาณิชยนาวี การประมง การท่องเที่ยว การแสวงประโยชน์จากทรัพยากร ที่ไม่มีชีวิต การวางสายเคเบิลหรือท่อใต้ทะเล การอนุรักษ์และการจัดการทรัพยากรธรรมชาติและ สิ่งแวดล้อมทางทะเลและชายฝั่ง การป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย หรือการสำรวจและวิจัย วิทยาศาสตร์ทางทะเล) หรือประโยชน์อื่นใดในเขตทางทะเล (“เขตทางทะเล”หมายความว่า ชายฝั่งทะเลและพื้นที่ทางทะเลที่ประเทศไทยมีอำนาจอธิปไตย หรือสิทธิอธิปไตย หรือมีสิทธิหรือเสรีภาพในการใช้หรือจะใช้ หรือมีหน้าที่รับผิดชอบตามกฎหมาย ระหว่างประเทศหรือตามสนธิสัญญาหรือด้วยประการใด ๆ ได้แก่ น่านน้ำภายใน ทะเลอาณาเขต เขตต่อเนื่อง เขตเศรษฐกิจจำเพาะ ไหล่ทวีป และทะเลหลวง และให้หมายความรวมถึงเกาะเทียม สิ่งติดตั้ง และสิ่งปลูกสร้างในทะเล รวมทั้งห้วงอากาศเหนือทะเล พื้นดินท้องทะเล ใต้พื้นดินท้องทะเล และพื้นที่ทางทะเลอื่นตามที่คณะกรรมการประกาศกำหนดในราชกิจจานุเบกษา) ไม่ว่าโดยตรงหรือโดยอ้อม เพื่อให้เกิดประโยชน์ในทุก ๆ ด้าน เช่น ด้านความมั่นคง ด้านเศรษฐกิจ ด้านสังคม ด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ด้านทรัพยากร หรือด้านสิ่งแวดล้อม 

ศรชล. อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี โดย “นายกรัฐมนตรี”เป็น “ผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล”เรียกโดยย่อว่า “ผอ.ศรชล.” มี “ผู้บัญชาการทหารเรือ” เป็น “รองผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล” เรียกโดยย่อว่า “รอง ผอ.ศรชล.” มีรองผู้บัญชาการทหารเรือ อธิบบดีกรมเจ้าท่า อธิบดีกรมประมง อธิบดีกรมศุลกากร อธิบดีกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง ผู้บังคับการตำรวจน้ำ ปฏิบัติหน้าที่เป็น “ผู้ช่วยผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล” เรียกโดยย่อว่า “ผช.ผอ.ศรชล.” และ “เสนาธิการทหารเรือ” เป็น “เลขาธิการศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล” มีหน้าที่รับผิดชอบงานอำนวยการและธุรการ ของ ศรชล.