เป็นไปตามมาตรา ๑๙ แห่ง พ.ร.บ.การรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล พ.ศ.๒๕๖๒ ประกอบด้วย

1. (๑) วางแผน อำนวยการ ประสานงาน สั่งการ และสนับสนุนการปฏิบัติงาน ของหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล 
2. (๒) ติดตาม ตรวจสอบ และประเมินแนวโน้มของสถานการณ์ที่อาจก่อให้เกิดภัยคุกคาม ต่อผลประโยชน์ของชาติทางทะเล และรายงานคณะกรรมการ และคณะรัฐมนตรี ตามลำดับเพื่อพิจารณาต่อไป  
3. (๓) เสนอแผนและแนวทางในการปฏิบัติงานและดำเนินการตามนโยบาย ยุทธศาสตร์ หรือแผนความมั่นคงแห่งชาติทางทะเล ต่อคณะรัฐมนตรี เพื่อพิจารณาให้ความเห็นชอบ และเมื่อคณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบแล้ว ให้หน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องจัดทำแผนงานและโครงการเพื่อปฏิบัติให้สอดคล้องกับแผนและแนวทางดังกล่าวต่อไป 
4. (๔) วางแผน พัฒนา และดำเนินการเกี่ยวกับระบบควบคุมบังคับบัญชาและเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร เพื่อการปฏิบัติงานของ ศรชล. ให้สามารถติดต่อ เชื่อมโยง หรือแลกเปลี่ยนข้อมูลระหว่างหน่วยงานของรัฐหรือหน่วยงานอื่นทั้งในประเทศและระหว่างประเทศ  
5. (๕) เผยแพร่ข้อมูลข่าวสารให้ประชาชนตระหนักรู้ในความสำคัญของผลประโยชน์ของชาติทางทะเล สิทธิอธิปไตย เขตอำนาจ และสิทธิในการแสวงประโยชน์จากทรัพยากรในเขตทางทะเล พื้นที่ต่าง ๆ และหน้าที่ที่ต้องพิทักษ์รักษาไว้ซึ่งผลประโยชน์ของชาติทางทะเล รวมทั้งส่งเสริมให้ประชาชนเข้ามามีส่วนร่วมในการป้องกันและแก้ไขปัญหาต่าง ๆ ที่กระทบต่อผลประโยชน์ของชาติทางทะเล  
6. (๖) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นหน้าที่และอำนาจของ ศรชล. หรือตามที่คณะรัฐมนตรีมอบหมาย 

      คณะกรรมการนโยบายการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล (นปท.) ประกอบด้วย นายกรัฐมนตรี หรือรองนายกรัฐมนตรีที่ได้รับมอบหมายเป็นประธานกรรมการ และกรรมการโดยตำแหน่งจำนวน ๒๗ คน มีอำนาจหน้าที่ ในการ กำหนดนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนความมั่นคงแห่งชาติทางทะเล และมาตรการในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทะเลให้สอดคล้องกับนโยบายรัฐบาล และแผนระดับประเทศที่เกี่ยวข้อง ให้คำแนะนำ ปรึกษา สนับสนุนการปฏิบัติหน้าที่ ติดตามและประเมินผลการปฏิบัติในด้านต่าง ๆ และเสนอให้สภาความมั่นคงแห่งชาติ และคณะรัฐมนตรีทราบ 

      คณะอนุกรรมการที่ปรึกษาและจัดการความรู้เพื่อผลประโยชน์ของชาติทางทะเล (อจชล.) แต่งตั้งขึ้นตามอำนาจของคณะกรรมการนโยบายการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลปฏิบัติหน้าที่ในการให้คำปรึกษาและจัดการความรู้เกี่ยวกับการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเลให้กับคณะกรรมการนโยบายฯ และ ศรชล. รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่คณะกรรมการนโยบายฯ มอบหมาย 

      คณะกรรมการบริหาร ศรชล. ประกอบด้วย ผบ.ทร. เป็นประธานกรรมการ รอง ผบ.ทร. เป็นรองประธานกรรมการ เสนาธิการทหารเรือเป็นเลขานุการ มีหน้าที่ ประกอบด้วย  

1. (๑) พิจารณาให้ความเห็นหรือข้อเสนอแนะเกี่ยวกับการจัดทำแผนงาน โครงการ และงบประมาณ เพื่อเสนอต่อผู้อำนวยการพิจารณาให้ความเห็นชอบ 
2. (๒) เสนอแนะหรือให้คำปรึกษาในการปฏิบัติงานในหน้าที่และอำนาจของ ศรชล.  
3. (๓) วางระเบียบเกี่ยวกับการอำนวยการและประสานงานกับหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล 
4. (๔) วางระเบียบเกี่ยวกับการดำเนินการเพื่อให้มีการบูรณาการในการปฏิบัติงานร่วมกันระหว่าง หน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องเพื่อเฝ้าระวัง ตรวจสอบ หรือเตรียมการป้องกันเพื่อไม่ให้เกิดเหตุการณ์ หรือสถานการณ์ใด ๆ ที่กระทบหรืออาจส่งผลกระทบต่อผลประโยชน์ของชาติทางทะเลหรือกิจกรรมทางทะเลเพื่อประโยชน์ในการปฏิบัติภารกิจตามมาตรา ๒๗ ได้ทันต่อสถานการณ์และมีประสิทธิภาพ 
5. (๕) วางระเบียบเกี่ยวกับการรวบรวมและบูรณาการข้อมูลของหน่วยงานของรัฐให้สามารถติดต่อ เชื่อมโยง หรือแลกเปลี่ยนข้อมูลระหว่างกันได้ เพื่อประโยชน์ในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล หรือกิจกรรมทางทะเล 
6. (๖) วางระเบียบเกี่ยวกับการปฏิบัติงานของ ศรชล. ศรชล.ภาค และ ศรชล.จังหวัด 
7. (๗) วางระเบียบเกี่ยวกับการปฏิบัติหน้าที่ การสืบสวน และการสอบสวนตามพระราชบัญญัตินี้ ซึ่งระเบียบดังกล่าวอย่างน้อยต้องกำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการในการปฏิบัติหน้าที่หรือการสอบสวน ของพนักงานเจ้าหน้าที่ร่วมกับพนักงานอัยการหรือพนักงานสอบสวนตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณา ความอาญา กำหนดสถานที่ควบคุมตัวผู้ต้องหา และการเก็บรักษาและการดำเนินการเกี่ยวกับของกลางทั้งนี้ ต้องสอดคล้องกับประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา 
8. (๘) ออกข้อบังคับเกี่ยวกับการบริหารงานบุคคล การงบประมาณ การเงิน การคลัง การจัดการ ทรัพย์สินของ ศรชล. ศรชล.ภาค และ ศรชล.จังหวัด และการอื่นใดที่จำเป็น 
9. (๙) แต่งตั้งคณะอนุกรรมการเพื่อปฏิบัติหน้าที่ตามที่ได้รับมอบหมาย 
10. (๑๐) แต่งตั้งคณะที่ปรึกษา ศรชล. เพื่อให้การเสนอแนะการแก้ไขปัญหาหรือป้องกันภัยที่จะเกิดขึ้นและให้คำปรึกษาแก่คณะกรรมการบริหาร ศรชล. และ ศรชล.  
11. (๑๑) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นหน้าที่และอำนาจของคณะกรรมการบริหาร ศรชล. หรือตามที่คณะกรรมการมอบหมาย